Secuenciación de ADN

Los requisitos básicos para la secuenciación de ADN incluyen:

• Plantilla de ADN: La muestra de ADN que desea secuenciar.
• Cebadores: Cortos fragmentos de ADN que inician el proceso de secuenciación.
• ADN polimerasa: Una enzima que sintetiza nuevos fragmentos de ADN complementarios a la cadena molde.
• Nucleótidos: Los componentes básicos del ADN, incluyendo nucleótidos estándar (dNTPs) y nucleótidos modificados (ddNTPs) para la terminación de cadena en la secuenciación de Sanger.
• Máquina de secuenciación: Equipo que lee la secuencia de nucleótidos en el ADN.
• Buffer y reactivos: Soluciones químicas que proporcionan las condiciones necesarias para que la ADN polimerasa funcione.
• Termociclador (para algunos métodos): Una máquina utilizada para amplificar segmentos de ADN mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR).

Diferentes métodos de secuenciación pueden tener requisitos adicionales o específicos, pero estos son los componentes generales necesarios para la mayoría de los protocolos de secuenciación de ADN.

La cantidad de ADN necesaria para la secuenciación depende del método de secuenciación y de la plataforma que esté utilizando. Aquí hay algunas pautas generales:

• Secuenciación de Sanger:

  • Normalmente requiere 10-50 ng de ADN purificado por reacción.

• Secuenciación de Nueva Generación (NGS):

  • Secuenciación Illumina: Generalmente requiere de 1 ng a 1 µg de ADN, dependiendo del protocolo específico de preparación de la biblioteca.
  • Secuenciación Ion Torrent: Normalmente requiere alrededor de 10 ng a 1 µg de ADN de entrada.
  • Secuenciación Pacific Biosciences (PacBio): Normalmente requiere de 0.5 a 5 µg de ADN de alta calidad.
  • Secuenciación Oxford Nanopore: Requiere alrededor de 200 ng a 1 µg de ADN, aunque algunos protocolos pueden funcionar con tan solo 10 ng.

• Secuenciación de Tercera Generación:

  • Secuenciación en Tiempo Real de Molécula Única (SMRT) (PacBio): A menudo necesita de 0.5 a 5 µg de ADN de alto peso molecular.
  • Secuenciación Nanopore (Oxford Nanopore): Generalmente requiere alrededor de 200 ng a 1 µg de ADN, aunque algunos protocolos pueden usar cantidades menores.

Estas cantidades pueden variar según los protocolos y kits específicos, por lo que es importante consultar las pautas proporcionadas por el fabricante de la plataforma de secuenciación y el kit de preparación de la biblioteca que esté utilizando.