Applied Biosystems™ Kit multiplex SNaPshot™

Descripción

El kit multiplex SNaPshot® forma parte del sistemas de multiplexado SNaPshot®. El método basado en la extensión de cebadores del sistema de multiplexado SNaPshot® permite multiplexar hasta 10 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP). Utilice este sistema para cribar y confirmar SNP, detectar variaciones de secuencias menores, evaluar la metilación del ADN, identificar cromosomas artificiales bacterianos (BAC) o el etiquetado general de fragmentos de restricción.

• Interrogue hasta 10 SNP de diferentes amplicones en una sola reacción de extensión de base
• Separe sitios de SNP con diferencias de un solo par de base
• La sensibilidad aumentada en comparación con la secuenciación estándar permite la detección de variantes menores (p. ej. mutaciones somáticas) en una muestra de prueba
• Reduzca la complejidad de sus experimentos con este sistema de identificación de genotipos fácil de usar y rentable
• Numerosos datos de la literatura científica demuestran su utilidad para la identificación de genotipos, la detección de mutaciones y el mapeo

El kit SNaPshot® Multiplex forma parte del sistema SNaPshot® Multiplex:
1) Kit SNaPshot® Multiplex (100, 1000, 5000 tamaño de reacciones)
2) Patrón de tamaño GeneScan™-120 LIZ™
3) Conjunto Matrix Standard DS-02 para el conjunto de colorantes E5 adecuado para su instrumento

Cada uno de los tres componentes anteriores es necesario para ejecutar el kit SNaPshot® Multiplex. Sin embargo, el conjunto Matrix Standard solo es necesario en una configuración inicial única para calibrar el instrumento para el conjunto de colorantes E5 específicos de SNaPshot.

4) El software GeneMapper® v.4.0 (o una versión posterior) es el software de análisis de datos secundario recomendado que le permite configurar papeleras y paneles definidos por el usuario para el análisis automatizado de los datos.

Como alternativa, puede realizar un análisis de picos manual sencillo con el software PeakScanner™ 1.0 (descarga gratuita desde el sitio web) para los instrumentos 310, 3100. 3130 y 3730 (PeakScanner no es compatible con los datos de los instrumentos 3500). Para los instrumentos 3500, el software de análisis de datos principal del instrumento permite una determinación del tamaño del fragmento y una separación de colores similares a PeakScanner.

5) El kit SNaPshot Primer Focus (4329538) es un útil kit de accesorios para un diseño de un solo experimento o ensayo (panel): Analice los cebadores individuales para su ubicación aproximada de dimensionamiento. Esto determinará si dos oligonucleótidos producirán o no señales superpuestas cuando se ejecuten simultáneamente y permitirán la configuración de ventanas loci (cubos) adecuadas para el software de análisis GeneMapper.

Cribaje y confirmación de SNP
El sistema SNaPshot® Multiplex es la herramienta perfecta para el cribaje y la validación de SNP. El kit ofrece un reactivo de extensión⁄terminación de base única de un tubo para el etiquetado de fragmentos de ADN. Se deben procesar los fragmentos de ADN en cualquier instrumento de electroforesis capilar Applied Biosystems con el patrón de tamaño GeneScan™-120 LIZ® para indicar el tamaño de los fragmentos etiquetados. A continuación, se usa el software GeneMapper® para analizar los datos y generar la nomenclatura alélica. El kit multiplex SNaPshot® permite el multiplexing durante una extensión de una sola base de hasta 10 combinaciones de plantilla de cebador en un formato de un solo capilar y un solo tubo.

Evaluación de la metilación de ADN
El estudio de la metilación⁄epigenética se está alzando como un componente importante de la investigación del cáncer. En un ensayo típico para detectar metilación, el tratamiento con bisulfito del ADN desamina la citosina no metilada y la convierte en uracilo, mientras que la citosina metilada permanece no reactiva. El siguiente paso de amplificación por PCR convierte las bases de uracilo en timina. El uso de SNaPshot® permite detectar las diferencias de las bases de las muestras tratadas y sin tratar para conocer el estado de metilación de las muestras.

Huella de BAC
Las bibliotecas de BAC nuevas requieren un método rápido y eficaz para la caracterización (también llamada «obtención de huellas») y el montaje de clones solapados (secuencias consensuadas contiguas), que después se agrupan en mapas físicos del cromosoma. Utilice el kit multiplex SNaPshot® para obtener la huella de clones etiquetando fragmentos de BAC después de la digestión con endonucleasas de restricción. Los fragmentos etiquetados se pueden separar y detectar en cualquier instrumento de electroforesis capilar de Applied Biosystems. La información de la determinación del tamaño del software GeneMapper® v 4.0 o superior se importa en programas de montaje de cóntigos y edición posteriores.

De manera similar, cualquier fragmento de restricción con un saliente 5' puede etiquetarse con un tinte fluorescente utilizando el reactivo SNaPshot.

Información de órdenes

Cada uno