Invitrogen™ WT Expression Kit, high throughput

Descripción

Elimina el paso de reducción de ARNr separado, conserva la cobertura del transcriptoma
Rl método de amplificación Affymetrix de primera generación requiere el agotamiento del ARN ribosomal (ARNr) de las muestras de ARN para un análisis óptimo a nivel de exón. Por el contrario, el Kit de expresión Ambion™ WT utiliza un novedoso método de cebado de transcripción inversa (RT) que elimina la necesidad de un paso de agotamiento de ARNr separado. El kit incluye cebadores de RT diseñados con un algoritmo de selección de oligonucleótidos patentado que elimina las secuencias del cebador con homología a los ARN ribosomal conocidos. El resultado es una cobertura completa e imparcial del transcriptoma, con niveles de amplificación de ARNr significativamente inferiores a los de otros métodos.

Resultados uniformes con menos ARN de entrada
Con el Kit de expresión Ambion WT, muestras tan pequeñas como 50 ng de ARN total pueden ser analizadas en matrices Affymetrix GeneChip de exones humanos, de ratón y de rata y Gene 1.0 ST. Los métodos anteriores requerían 1 μg de ARN total: a menudo difícil o imposible de obtener de fuentes limitadas, como células madre o muestras de tejido pequeñas. El modesto requisito de ARN de entrada permite el análisis de muestras raras y proporciona una experimentación más eficiente y rentable para la mayoría de los tipos de muestras. Para demostrar el rendimiento del kit de expresión WT, se preparó ARN de tres tipos de muestras (células HeLa y muestras de control de calidad de micromatrices (MAQC) A y B) por triplicado con el kit de síntesis y amplificación de ADNc de Affymetrix GeneChip WT o el kit de expresión WT y fue analizado en matrices de exones humanos 1.0 ST. El ARN total (1 μg) preparado por el protocolo Affymetrix se sometió a un paso de agotamiento del ARNr, mientras que solo 50 ng de ARN total (20 veces menos) se preparó para el análisis de micromatrices utilizando el Kit de expresión WT. Ambos conjuntos de muestras fueron manipulados de acuerdo con las recomendaciones de los fabricantes. La correlación directa de los ratios log2 para las muestras de MAQC A y B fue alta (r >0,94) tanto a nivel de exón como de transcripción. La correlación de las relaciones log2 con los datos de expresión génica obtenidos mediante los ensayos de expresión génica TaqMan™ para PCR en tiempo real también fue alta para ambos kits (ver el boletín del producto para consultar los datos).

Identifique más expresión diferencial con menos ARN
Además de su menor requisito de ARN de entrada, el Kit de expresión WT proporciona un aumento significativo en la sensibilidad. Se obtuvo un mayor número de conjuntos de sondas detectados sobre el fondo a nivel de exón con el Kit de expresión WT como resultado de una mayor relación señal-ruido. Una comparación de los resultados del análisis de expresión diferencial de los dos métodos indicó que, si bien los genes y exones expresados diferencialmente de las muestras de MAQC A y MAQC B eran similares entre los dos kits (78 % y 89 %, respectivamente), se observó una expresión diferencial significativamente mayor en matrices hibridadas con muestras preparadas con el Kit de expresión WT. Se encontraron 499 genes más y 6850 exones más expresados diferencialmente en muestras preparadas con el Kit Ambion, en comparación con muestras preparadas con el Kit Affymetrix

• Optimizado para su uso con matrices Affymetrix GeneChip de humano, ratón y rata 1.0 ST
• Permite analizar muestras de ARN de tan solo 50 ng sobre matrices GeneChip Affymetrix
• Admite un flujo de trabajo optimizado que no requiere un paso de agotamiento de ARNr independiente
• Es ideal para perfiles de expresión de alta sensibilidad
• Para sistemas robóticos de alto rendimiento

Etiquetado de matrices de expresión, análisis de expresión génica y genotipado, análisis de micromatriz, amplificación de ARN